Código simples para uma grande funcionalidade:

script.js

function marcarCheck() {
	var contaForm = document.Form.elements.length;
	var campo = document.Form;
	var i;

	for (i=0; i<contaForm; i++) {
		if (campo.elements[i].id == "Marcados") {
			campo.elements[i].checked = campo.CheckTodos.checked;
		}
	}

}

 

 

Index.html

<script language="javascript" src="script.js"></script>
<form name="Form">
Marcar Todos: <input type="checkbox" name="CheckTodos" onClick="marcarCheck();" />
<br><br>
1. <input type="checkbox" id="Marcados" /><br>
2. <input type="checkbox" id="Marcados" /><br>
3. <input type="checkbox" id="Marcados" /><br>
4. <input type="checkbox" id="Marcados" /><br>
5. <input type="checkbox" id="Marcados" />
</form>